La organización está compuesta por algunos de los más poderosos criminales del momento. Cada miembro de Akatsuki es un criminal de clase S (el máximo rango en el universo de Naruto) temido por sus tremendos poderes y su naturaleza despiadada. Juntos forman la que es, probablemente, la más poderosa organización en toda la serie.

Originalmente, Akatsuki tenía diez miembros, pero por la deserción de Orochimaru junto con su anillo redujo el número a nueve. Sasori murió a manos de Sakura y Chiyo. Kakuzu pereció en la pelea contra Kakashi, Yamato y Naruto, y Hidan fue condenado a estar vivo pero enterrado para siempre por Shikamaru. Aunque Kakuzu mencionó que había matado a sus compañeros anteriores en ataques de ira, no se sabe si se refiere a miembros de Akatsuki. Tobi, un antiguo subordinado de Zetsu, rápidamente asumió la posición de Sasori, a pesar de no contar con el apoyo de las dos mitades de éste. Deidara falleció recientemente en una pelea contra Sasuke en la cual tuvo que inmolarse como último recurso(cap 362).

Pein

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Pein es el líder de Akatsuki, un hombre del que no se ha sabido mucho hasta bien avanzado el manga.

Itachi Uchiha

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Itachi es el hermano mayor de Sasuke, responsable del exterminio del clan y exiliado, por tanto, de Konoha. Posee el Mangekyō Sharingan, lo cual lo convierte en un enemigo temible.

Kisame Hoshigaki

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Kisame es uno de los Siete Espadachines de la Aldea Oculta de la Niebla. Es un hombre de gran altura con la apariencia de un tiburón. Es portador de la espada Samehada.

Tobi

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Tobi era inicialmente un subordinado de Zetsu que ocupó el lugar de Sasori tras su muerte. Más tarde, se muestra que en realidad es Madara Uchiha, y que es que verdadero líder de Akatsuki, por encima de Pein, desconociéndose si tiene sus propios planes al margen de los expuestos por Pein.

Zetsu

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Zetsu tiene la apariencia de un hombre con dos mitades distintas, una blanca y otra negra, que se oculta dentro de una Venus Atrapamoscas al menos de la cintura para arriba. Confirmadamente caníbal, puede desplazarse a cualquier parte a través del suelo.

Konan

Konan (小南, Konan^?) es una chica de pelo azul con un adorno en el pelo en forma de flor, hecho de papel. Hasta donde se ha visto, acompaña a Pein en la Aldea Oculta de la Lluvia, y sigue sus órdenes. Tiene el anillo 白 (blanco).

Konan puede realizar un jutsu por el cual todo su cuerpo se descompone en multitud de hojas de papel, que luego se pliegan para crear mariposas mediante origami. Pein retira la lluvia que crea mientras ella realiza esta técnica. Recientemente Jiraiya se encuentra con ella y al parecer el fue su maestro.

Jiraiya, por lo que comenta en el capírtulo 371 del manga, parece conocerla bien, desde que ella era más joven. En el manga 372 en un recuerdo de Jiraiya parece ser que era una huerfana de la aldea de la lluvia junto con Pein (Nagato) y otro chico del cual se desconoce su nombre y este cuido de ellos.